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Agía Pelagía ist eine Siedlung in der Gemeinde Agios Vasilios, im Regionalbezirk Rethymno, in der Region Kreta, Griechenland. Agía Pelagía liegt im Gebirge Lefka Ori, auf der Insel Crete. Die Einwohnerzahl beträgt 89 (2021). Die nächste größere Stadt ist Rethymno, 17,1 km nördlich. Strände in der Nähe: von Dynonissos (7,3 km), Kefala (7,4 km), von Preveli (7,4 km). Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören Phaistos (34 km), Kloster Arkadi (15,9 km) und Eleutherna (21 km). Zu den Naturdenkmälern gehören Idäische Grotte (30 km) und Melidoni-Höhle (28 km).