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Ágios Ioánnis ist eine Siedlung in der Gemeinde Amari, im Regionalbezirk Rethymno, in der Region Kreta, Griechenland. Ágios Ioánnis liegt auf 370 m Höhe, im Gebirge Crete, auf der Insel Crete. Die Einwohnerzahl beträgt 94 (2021). Die nächste größere Stadt ist Rethymno, 31 km nordwestlich. Strände in der Nähe: Agios Georgios (9,6 km), Katalyki (11 km), Prassonisi (Strand) (13 km). Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören Phaistos (16,3 km), Gortyn (25 km) und Eleutherna (17,5 km). Zu den Naturdenkmälern gehören Idäische Grotte (11,6 km) und Melidoni-Höhle (24 km).