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Margarites ist ein Dorf in der Gemeinde Mylopotamos, im Regionalbezirk Rethymno, in der Region Kreta, Griechenland. Margarites liegt auf 300 m Höhe, am Fuß des Gebirges Crete, auf der Insel Crete. Die Einwohnerzahl beträgt 267 (2021). Die nächste größere Stadt ist Rethymno, 19,6 km westlich. Strände in der Nähe: Spilies (9 km), Geropotamos (9,1 km), Livadi (12 km). Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören Eleutherna (1,2 km), Kloster Arkadi (6,1 km) und Phaistos (34 km). Zu den Naturdenkmälern gehören Melidoni-Höhle (6,4 km) und Idäische Grotte (19,5 km).
Auch geschrieben Μαργαρίτες Ρεθύμνου.