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Melidoni ist eine Siedlung in der Gemeinde Mylopotamos, im Regionalbezirk Rethymno, in der Region Kreta, Griechenland. Melidoni liegt im Gebirge Crete, auf der Insel Crete. Die Einwohnerzahl beträgt 266 (2021). Die nächste größere Stadt ist Rethymno, 24 km westlich. Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören Eleutherna (7,4 km), Kloster Arkadi (12,4 km) und Phaistos (37 km). Zu den Naturdenkmälern gehören Melidoni-Höhle (0,9 km) und Idäische Grotte (21 km).