Bagdonava ist ein Dorf in Rajongemeinde Jonava, im Bezirk Kaunas, Litauen. Bagdonava liegt auf 76 m Höhe. Die nächste größere Stadt ist Jonava, 7,9 km östlich. Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören IX fortas (22 km), Nationales Mikalojus-Konstantinas-Čiurlionis-Kunstmuseum (23 km) und Kloster Pažaislis (21 km).
Auch geschrieben Bagdonava.