Milagainiai ist ein Dorf in Rajongemeinde Jonava, im Bezirk Kaunas, Litauen. Milagainiai liegt auf 103 m Höhe. Die Einwohnerzahl beträgt 94 (2021). Die nächste größere Stadt ist Jonava, 13,8 km südwestlich. Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören Schloss Siesikai (14,4 km), Eisenbahnbrücke Jonava (13,2 km) und Beit Midrash Hagadol Synagoge Jonava (14,4 km). Zu den Naturdenkmälern gehören Vainiai poplar (8,5 km).