Varnutė ist ein Dorf in Rajongemeinde Jonava, im Bezirk Kaunas, Litauen. Varnutė liegt auf 79 m Höhe. Die nächste größere Stadt ist Jonava, 2,5 km südöstlich. Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören IX fortas (30 km), Nationales Mikalojus-Konstantinas-Čiurlionis-Kunstmuseum (31 km) und Kloster Pažaislis (28 km). Zu den Naturdenkmälern gehören Vainiai poplar (4,4 km).
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