Varpėnai ist ein Dorf in Rajongemeinde Jonava, im Bezirk Kaunas, Litauen. Varpėnai liegt auf 91 m Höhe. Die Einwohnerzahl beträgt 9. Die nächste größere Stadt ist Jonava, 5,0 km südöstlich. Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören IX fortas (31 km), Nationales Mikalojus-Konstantinas-Čiurlionis-Kunstmuseum (33 km) und Litauisches Freilichtmuseum (28 km). Zu den Naturdenkmälern gehören Vainiai poplar (2,2 km).