Šunakojai ist ein Dorf in Rajongemeinde Molėtai, im Bezirk Utena, Litauen. Šunakojai liegt auf 124 m Höhe. Die nächste größere Stadt ist Utena, 30 km östlich. Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören Synagoge (5,0 km), Voruta (23 km) und Astronomisches Observatorium Molėtai (22 km).
Auch geschrieben Šunakojai.