Eskilstrup ist ein Dorf in der Gemeinde Faaborg-Midtfyn, in der Region Syddanmark, Dänemark. Eskilstrup liegt auf 68 m Höhe. Die nächste größere Stadt ist Odense, 16,2 km nordwestlich. Zu den Sehenswürdigkeiten in der Umgebung gehören Schloss Egeskov (10,9 km), Nonnebakken (15,7 km) und Wikingerzeitliche Ringburgen (15,7 km). Zu den Naturdenkmälern gehören Tornø (21 km) und Frederiksø (25 km).